– 기본적인 디자인 컨셉은 음양의 조화를 상징하는 태극 무늬를 기본 바탕으로 하고 있다. 이는 남한과 북한이 서로 조화와 통합을 이루어 세계 속에서 우뚝 서고자 하는 의지를 표현한 것이며 또한 그것이 세계적인 차원에서 중요하게 다루어져야 함을 의미한다.

– 녹색 새는 남한과 북한을 자유롭게 날아다닐 수 있는 비둘기를 나타낸다. 평화를 상징하는 비둘기는 생명과 활력의 의미를 가지고 있는 녹색과 결합되어, 평화를 지향하고 통일 준비에 있어 큰 활력을 불어넣고자 하는 통일교육연구센터의 역할을 상징한다.

– 아래의 파란색은 한반도기의 색이며 그 속에 들어있는 서울대학교의 로고는 통일된 한반도의 모습을 그리는 데 서울대학교가 중요한 역할을 수행해야 함을 보여준다. 이는 서울대학교의 소속 기관으로서 통일교육연구센터가 갖는 책임을 상징하는 것이다.